Introduktionen av främmande arter är sedan länge ett känt problem. Under senare tid har det däremot ökat i hela världen, främst i och med den kraftigt ökade handeln. Efter förstöring av biotoper och naturmiljöer anses främmande arter vara det största hotet mot biologisk mångfald globalt sett.

I dag finns minst 23 främmande akvatiska arter i Mälaren. Flera av dem är väl etablerade i Mälarens ekosystem. Bland de mest kända och problematiska kan nämnas vattenpest, smal vattenpest, sjögull, ullhandskrabba, vandrarmussla och signalkräfta bärande på kräftpest.