En annan orsak till att Mälaren och dess närområde inte når upp till god ekologisk status är den fysiska påverkan från jordbruket. Genom dikning, rätning av vattendrag och sjösänkningar påverkas den biologiska mångfalden negativt. Området är relativt väl kartlagt men arbetet med konkreta åtgärder har gått långsamt och effekterna har varit svåra att se i vattenmiljön. Motsatta intressen och brist på pengar är två orsaker, men även svårigheter att styra en åtgärd till den plats där den gör mest nytta har påverkat.

Det saknas idag stöd för beslutsfattare, myndigheter och lantbrukare när beslut ska tas om var en åtgärd för vattenmiljön gör mest nytta och samtidigt har minst påverkan på jordbruket. Havs- och vattenmyndigheten har tillsammans med Jordbruksverket arbetat med att ta fram denna typ av prioriteringar.