Hela Mälaren är utpekad som riksintresse för yrkesfisket. Där finns omkring 35 olika fisk- och kräftarter som har eller har haft betydelse för yrkesfisket. Exempel är gös, siklöja, gädda, abborre, ål och signalkräfta. Det gör sjön till en av Sveriges artrikaste sjöar för fisk. Utöver dessa finns också ett antal inplanterade arter som har betydelse för fisket så som kanadaröding, vätternröding och lax.
I Mälaren fanns år 2010 strax över 40 licenserade yrkesfiskare. På 1950-talet var de ungefär 200 stycken. Dessutom har de yrkesverksamma fiskarna idag en hög medelålder och bekymmer med nyrekrytering.
Not- och långrevsfiske har varit mycket betydande i Mälaren men har nu i stort sett upphört inom yrkesfisket. Nu bedrivs i stället fisket med grovmaskiga nät, siklöjsnät eller bottengarn (storryssjor). Nätfisket med grovmaskiga nät bedrivs huvudsakligen vintertid och från is. En lång stör skjuts då under isen genom ett hål och tas upp längre bort genom ett annat hål i isen. Siklöjsfisket bedrivs under hösten, strax innan och under löjans lek. Bottengarnen dominerar i stället under den isfria perioden och som mest finns runt 200 bottengarn utlagda i Mälaren.
Gösen är den ekonomiskt viktigaste arten för fisket i Mälaren. Den årliga fångsten ligger på ca 150 ton. Minimimåttet för gös från Mälaren ändrades under 2012 från 40 till 45 cm för att vårda gösbeståndet. På så vis möjliggörs att fiskar hinner växa på sig innan de fiskas upp, något som gynnar fiskenäringen på sikt. Samma regel har gällt i Hjälmaren under flera år och där har resultatet varit positivt. Fisket av ål består uteslutande av återfångst av utsatta ålyngel. Den naturliga rekryteringen av ål har minskat enormt i hela Europa och arten klassas som akut hotad. Övriga arter som fiskas yrkesmässigt i Mälaren men i mindre utsträckning är gädda, abborre, siklöja och lake. Delar av fångsterna exporteras till kontinenten men en del säljs även lokalt.
Mälargös
Sportfisket har också en given plats i Mälaren. Fiske med handredskap från strand är i princip fritt för alla runt sjön. I vissa frivatten, som Hovgårdsfjärden, Prästfjärden samt Norra- och Södra Björkfjärden är fisket fritt för alla även med not och från båtar. Regler om nätstorlek med mera måste följas även där. För sportfisket är gädda, gös och abborre uppskattade arter.
Mälarfisken håller generellt hög kvalitet med låga eller mycket låga halter av problematiska ämnen jämfört med andra stora sjöar. Mängderna av kvicksilver och kadmium är låga vilket antas bero på att metallerna i den näringsrika Mälaren fördelas och binds upp i den stora mängden alger och annan växtlighet. Även halterna av DDT, PCB och dioxin ligger långt under gränsvärdena för fisk (Mälarens vattenvårdsförbund 2012).
Livsmedelsverket rekommenderar ändå att kvinnor som är eller försöker bli gravida eller som ammar avstår från att äta gädda, gös och abborre från insjöar mer än 2-3 gånger per år. Övriga bör äta dessa fiskar högst en gång per vecka.
Läs mer om Livsmedelsverkets rekommendationer för fisk här på Livsmedelsverkets hemsida.