Mälaren har alltid varit en viktig transportlänk mellan Mälardalens inre områden och Östersjön. Transporterna på sjön har avgjorts av var städerna grundats och vilka städer som kunnat växa och vilka som har försvunnit. Särskilt viktig var transporten av järn och koppar från Bergslagen till Östersjön via Mälaren. Den handeln blev enklare när Hjälmaren och Mälaren knöts ihop genom Hjälmare kanal 1639. I slutet av 1700-talet tillkom också Strömsholms kanal som gav en vattenväg till Hallstahammar, Surahammar, Fagersta och ända upp till Smedjebacken. Mälaren har också fungerat som daglig transportväg för bönders och fiskares produkter till Stockholm. Under det tidiga 1800-talet fick Stockholm reguljära ångbåtsförbindelser till flera städer.

Järnvägstrafiken, och senare bilismen, minskade vikten av godshantering på Mälaren men fortfarande fraktas flera miljoner ton över Mälaren. Idag fungerar sjötrafiken som ett komplement och en avlastning till vägar och järnvägar på land. Samtidigt gör Mälarens roll som vattentäkt för miljontals människor att säkerheten måste prioriteras högt. Exempelvis ställs det krav på dubbla skrov för båtarna i Mälaren.

Mälaren utgör en viktig transportled genom Mälarleden som sträcker sig från Södertälje till hamnarna i Västerås och Köping. Årligen passerar ca 4500 fartyg Södertälje kanal med en godsmängd på drygt 4 miljoner ton. Merparten av frakten är ingående gods av olja och kemikalier.

Hamnar för yrkestrafik finns bland annat i Stockholm, Västerås och Köping medan det finns närmare 30 gästhamnar för fritidsbåtar i Mälaren. Trycket på dessa ökar hela tiden när områdets befolkning växer.