Övergödningen av Mälaren har minskat sedan 1960-talet men siktdjupet har i stället ständigt försämrats. Vattnet i de västra delarna är idag både grumligare och brunare än vad det var då. Vattnet som regnar ner på marken renas genom att tränga genom flera lager jord där olika föroreningar fastnar. Det löser också upp, och för med sig, näringsämnen och organiskt material i marken. Om marken är mättad på vatten efter långa regnväder rinner vattnet ut i bäckar och vid stränder på en ytligare nivå än annars.  På så vis för vattnet ut mer näringsämnen och mer organiskt material från marken ut i vattendragen. Det här är ett fenomen som ökar då vi får ett varmare och mer nederbördsrikt klimat.