Mälarens vattennivå började regleras 1943. Syftet var att motverka översvämningar av jordbruksmark och att höja de låga vattenstånden. Anledningarna till att höja de låga vattenstånden var dels att minska risken för att fartyg skulle gå på grund och dels för att minska risken för saltvatteninträngning från Östersjön. Regleringen resulterade i att de höga vattenstånden minskade som planerat men att de låga vattenstånden blev ännu lägre än tidigare. Därför ändrades regleringsbestämmelserna med en ny vattendom 1966 med tillkomst av nya dammluckor i Stallkanalen, och sedan dess har regleringen i stort sett varit likadan.

Det finns flera kanaler och regleringar i Stockholm (som Norrström, Slussen och Hammarby sluss) men också i Södertälje kanal. Regleringen försöker hålla en lägsta nivå på 4,00 meter och en högsta på 4,70 meter i Mälarens höjdsystem. Sedan 1960-talet har nivån dock varit både lägre och högre. Innan regleringen varierade vattenståndet i Mälaren med upp till två meter. Dess medelnivå ligger idag 0,67 meter över medelnivån i Saltsjön. När nivån i Saltsjön är högre än den i Mälaren, vilket främst har inträffat vintertid, riskerar saltvatten att strömma in i Mälaren.

På grund av höga tillrinningar under hösten 2000 uppmättes i Mälaren under december det året det högsta vattenståndet under reglerad tid. Denna incident visade att tappningskapaciteten från Mälaren idag inte är tillräcklig för att vid extrema tillfällen få ut den mängd vatten som behövs för att hindra problem med översvämningar och skydda samhällsviktiga funktioner.

År 2005 påbörjade Klimat- och sårbarhetsutredningen sitt arbete med att kartlägga samhällets sårbarhet för extrema väderhändelser och successiva klimatförändringar på kort, medellång och lång sikt. Där utreddes översvämningsproblematiken kring Mälaren, Hjälmaren och Vänern. Undersökningen, med de klimatsscenarier som användes, visade att både de höga och de låga vattennivåerna i ett framtida klimat blir vanligare, men inte de extrema vattennivåerna.