Bortsett från de stora sjöarna Mälaren och Hjälmaren är Mälardalens slättområden tämligen sjöfattiga. Att det ser ut så beror till stor del på de många sjösänkningar som gjordes under 1800-talet och det tidiga 1900-talet. Syftet med sänkningarna var att dränera sumpig mark för att på så vis vinna ny åkermark. I de flesta fall misslyckades dock åtagandet och biologiskt värdefulla områden försvann medan de nyvunna åkrarna oxiderade, packades samman och blev i princip obrukbara. Det stora undantaget från dessa många misslyckade dräneringar är 1870- och -80-talets sänkning av Hjälmaren-Kvismaren med 1,9 meter. Stora och bestående vinster av jordbruksmark gjordes med hela 19 000 ha ny eller förbättrad åkerjord. De dränerade arealerna måste ständigt underhållas men effekterna av sjösänkningen blev bestående.
Solnedgång över Hjälmaren
Själva Mälaren är inte undantagen från människans regleringar. För att minimera variationerna i vattenstånd och undvika inträngning av saltvatten från Östersjön hålls vattennivån konstant och minst tre decimeter över Östersjöns nivå. I normalläge skulle sjöns yta ligga cirka en meter över havsnivån.