Mälaren är en dricksvattentäkt för drygt två miljoner människor, fördelat på åtta större uttag för kommunal vattenförsörjning och ett 20-tal mindre anläggningar. Det gör Mälaren till den vattentäkt som förser flest människor i Sverige med dricksvatten. Uttaget för dricksvattenförsörjning uppgår totalt till ca 8 m3/s.

Det saknas alternativa uthålliga vattentäkter till Mälaren. Att skydda och förbättra dess vatten är därför viktigt för den långsiktiga vattenförsörjningen i regionen. Tillförsel av material som grumlar vattnet och av löst organiskt material samt närsalter som leder till algproduktion är de faktorer som i första hand försvårar dricksvattenproduktionen. Sedan 1965 finns en tydlig trend med ständigt tilltagande grumling och brunhet hos Mälarens vatten. De senaste åren har halterna av löst organiskt material ökat tydligt, både för brunfärgade humusämnen och ofärgade kolföreningar. Dessa ställer till med problem vid framställningen av rent vatten.

Dricksvatten

Ett stort antal svenska kommuner hämtar sitt dricksvatten från Mälaren. Enbart i Stockholm med omnejd får 25 kommuner sitt dricksvatten från Mälaren. Exempel på andra kommuner som också tar sitt dricksvatten därifrån är Västerås, Nykvarn, Södertälje och Håbo. Ytterligare några städer och kommuner använder några av de vattendrag som rinner till Mälaren för dricksvattenproduktion. Kvaliteten på det producerade vattnet anses vara mycket bra.

Delar av Mälaren ingår i ett skyddsområde för att skydda vattnet och dess kvalitet från påverkan av skadliga föroreningar. I östra Mälaren finns ett vattenskyddsområde runt vattenverken som omfattar både vatten och stränder. Reglerna innebär begränsningar i hur bekämpningsmedel och brandfarliga vätskor får användas inom området och hur sjöfarten får bedrivas. Övriga vattenproducenter kring Mälaren arbetar även med vattenskyddsområden som Ekolsundsviken och delar av Norra Björkfjärden vid Bålsta vattenverk, södra Mälaren för Södertäljes dricksvatten i Bastmora vattenskyddsområde och i norra Mälaren för vattnet utanför Hässlö vattenverk i Västerås.

Det är inte enbart genom de synliga vattendragen som Mälaren fylls på och tappas av. Under sjöns yta finns åtta större rullstensåsar som går från norr till söder. I de åsarna samlas grundvatten från marken och leds vidare under jorden i den lättgenomträngliga sanden och gruset i åsarna. När de passerar Mälaren samspelar vattnet i sjön med åsarna. Grundvatten kan omväxlande strömma ut ur sjön och omvänt kan sjövatten filtreras genom gruset i åsarna. De delar av åsarna som finns på land fungerar ofta som uttag för dricksvatten på grund av sin förmåga att hålla vatten.