Mälaren är en naturligt näringsrik sjö. Näringsrika sjöar återfinns vanligen i dalgångar och på slätter under högsta kustlinjen och har därför legat under vatten vid inlandsisens avsmältning. De har ofta stora och flacka tillrinningsområden som domineras av näringsrika lerjordar med hög andel jordbruksmark. Det tillrinnande vattnet är rikt på näringsämnen och växtligheten i sjöarna är stor. (SMHI 2008) De förhållandena stämmer mycket väl in på Mälaren.
Att Mälaren redan från början är en naturligt näringsrik sjö innebär att den är extra känslig för övergödning. Avloppsutsläpp och näringsläckage från jordbruk har orsakat övergödning och igenväxning av näringsrika sjöar i Syd- och Mellansveriges slättområden och samma bekymmer finns runt Mälaren. Igenväxning är en naturlig process som sker i näringsrika sjöar där växter får möjlighet att ta över, men genom att tillsätta extra närsalter till vattnet har människan snabbat på processen. Genom direkta utsläpp från industrier och reningsverk, eller indirekt via luften, har sjöarnas ekosystem i olika omfattning under olika perioder utsatts för närsalter och miljögifter.
Det höga näringsinnehållet innebär dock att Mälaren inte är känslig för försurning.
Läs mer om hur Mälaren mår
Övergödning
Miljögifter