Under 1100- och 1200-talen avsnördes Mälaren från Östersjön och blev genom landhöjningen en insjö i stället för en havsvik. Det skedde genom att åströsklarna vid Norrström kom allt närmare vattenytan. Att sjön är så flikig och örik gör att den ofta delas in i flera avgränsade bassänger.

Bassängerna har olika volym och vattnet uppehåller sig olika länge i de olika bassängerna. Galten, som är den västligaste och minsta bassängen, tar emot hälften av Mälarens totala tillrinning och har en mycket snabb omsättningstid på endast ett par veckor. De stora fjärdarna i mellersta Mälaren, som Prästfjärden, Ulvshällsfjärden och Södra Björkfjärden, har jämförelsevis en omsättningstid på nästan två år. Omsättningstiden är viktig eftersom en lång omsättningstid innebär att ämnen i vattnet hinner sjunka till botten och bli till sediment. Det innebär att bassänger med hög omsättningstid får lägre halter av miljögifter och närsalter medan bassänger med låg omsättningstid har högre halter. På så vis har Mälarens bassänger olika bakgrundshalter och skulle även utan människans påverkan ha olika vattensammansättning.

Sedan hösten 2010 delar länsstyrelserna in Mälaren i 32 vattenförekomster eller bassänger. Indelningen har gjorts med hjälp av provsvar från flödesmätningar och vattenkemidata och kan ses nedan.

Bild Mälarens åtgärdsområden

Vattnet i Mälaren rinner i huvudsak från väster till öster. De naturliga utloppen från Mälaren är Norrström och Söderström, på varsin sida om Stadsholmen i Stockholm. Utloppet vid Söderström sker numera via Slussen.

Mälarens bassänger