Mälarens grunda vassrika vikar är viktiga för fågellivet. De fungerar som uppväxtplatser för fisk och är därmed fulla av liv. Den bruna kärrhöken är nära knuten till denna typ av miljö och har här sitt starkaste fäste i Sverige. Den söker sin föda i vassarna och de omgivande åkermarkerna där den letar efter smågnagare och ungfåglar. I samma typ av områden kan man också höra rördrommens tutande läte. Tillsammans med Vänern hyser Mälaren flest rördrommar i Sverige med över 100 tutande hanar. Även växtätande änder som sothönan tycker om de grunda vikarna och där kan du också hitta skäggdoppingar och vigg.

Mälardalen är ett kärnområde för fiskgjusen. Det har beräknats att ca 90 % av Europas bestånd av fiskgjuse finns i Sverige, Finland och västra delen av Ryssland, så området är viktigt även internationellt. Bland Mälarens öar finns de kolonihäckande arterna. Här kan nämnas gråtrut, fisktärna, skrattmås och fiskmås som mest frekventa. Här hittar du även storskarv som länge varit utrotad i Sverige men återigen häckar i området sedan 1994.

Arter som normalt förknippas med skärgården kan också hittas vid Mälaren. Hit räknas silltrut, strandskata, havstrut och småskrake.

Olika naturvårdsinsatser har bidragit till att stora rovfågels- och rovdjursarter kunnat kolonisera Mälarlandskapen igen. Havsörnen var nära utrotning på 1970-talet men har återigen blivit vanligare längs kust och inland. Precis som havsörnen har även berguven drabbats hårt av miljögifter men efter återinplanteringar har den numera en liten men stabil population.

Havsörn (Yathin 2012)