Vattnet i Mälaren har ofta sitt ursprung långt ifrån sjön. Det passerar både bergslag, lantbruksmarker och städer på vägen till sjön. Vattnet från Arbogaån flyter till exempel från sjön Väringen som ligger fyra och en halv mil från Mälaren. Ån fylls också på med vatten som rinner från Grängesberg, på gränsen mellan Dalarna och Västmanland. Vid Arboga fylls den på med mer vatten från Hjälmare kanal och rinner slutligen ut i Mälaren vid Kungsör.

De fyra stora åarna Arbogaån, Hedstömmen, Köpingsån och Kolbäcksån mynnar ut i Mälarens västligaste del och står ensamma för 46 % av tillrinningen. Ytterligare 24 % hamnar i Mälaren via Eskilstunaån, Svartån och Sagån medan de två vattendragen Örsundaån och Fyrisån står för 11 %. De resterande 10 % kommer från små bäckar och diken.