Mälaren är mottagare av flera typer av utsläpp. Ungefär 5 % av vattnet som lämnar Mälaren har hamnat där via olika avloppsreningsverk, dagvatten eller industrier. För svenska förhållanden räknas det som mycket och det påverkar hur Mälaren mår. Den befolkningstillväxt som spås för Mälardalen kommer att innebära en ytterligare tillförsel av föroreningar om inte åtgärder vidtas. För växtnäringsämnen, som fosfor och kväve, kommer den största delen från jordbruksmarken som framför allt ligger i ådalarna och i sjöns närområde.

Mängden näringsämnen och organiskt material som tillförs Mälaren ökade kraftigt under 1900-talet. Sedan 1980 har fosforhalterna under de flesta år, och i de flesta av Mälarens fjärdar och sund, motsvarat höga eller mycket höga halter enligt Naturvårdsverkets bedömningsgrunder.  Halterna av både fosfor och kväve behöver minska för att Mälaren ska kunna uppnå god status enligt EU:s vattendirektiv.

För arbetet med att fortsatt få ner halterna av näringsämnen i sjön gäller det idag att till exempel jordbruket och skogsbruket måste förfina sina brukningsmetoder ytterligare. Jordbruket har under många år arbetat hårt med att få grepp om hur växtnäring läcker ut från jordarna och det arbetet behöver fortsätta. Det är principen att många bäckar tillsammans blir stora åar som är problemet idag och inte stora punktutsläpp. Enskilda avlopp är en stor föroreningskälla och tusentals enskilda avlopp, ofta med bristfällig rening, finns runt Mälaren och ger tillsammans en stor dos näringsämnen till sjön. Här nedan följer ett diagram med mer detaljer om varifrån Mälarens fosfor kommer:

Källor till fosforbelastning i Mälaren

Mälarens tillstånd har undersökts varje år sedan 1965. Då var sjön starkt övergödd men under 1960-och 1970-talen kompletterades större reningsverk med kemisk fällning vilket drastiskt minskade halterna av fosfor i Mälaren. Efter den avlastningen visar förhållandena inga tydliga trender utan halterna varierar lite från år till år beroende på vattenflöde.

Den mest betydande minskningen i belastning på Mälaren efter utbyggnaden av reningsverken var när utflödet från Bromma reningsverk avleddes till Östersjön 1989, i stället för att släppa ut sitt vatten i Mälaren. Åtgärden har däremot begränsad betydelse för Mälaren som helhet eftersom påverkan endast ses i den allra östligaste delen av sjön i närheten av Stockholm. I och med omledningen är nu östra Mälaren fri från större kommunala avloppsutsläpp, med undantag för Ekebyhovs avloppsreningsverk på Ekerö. För industriutsläpp har läget i stort sätt varit oförändrat sedan 1985.

Idag styrs nivån av näring i Mälarens bassänger av tillförseln från tillrinningsområdet. Näringsämnen från tidigare överbelastade bottensediment kan också frigöras under vissa förhållanden, och därmed bidra med så kallad internbelastning.

Jordbruken i Mälarens närområden är framför allt inriktade på spannmålsproduktion. Det innebär en omfattande jordbearbetning, gödsling och användning av bekämpningsmedel i de Mälarnära områdena jämfört med områden som ligger längre upp i avrinningsområdena. Jordbruksmarken består till stor del av leror. Från dem eroderar stora mängder lerpartiklar och partikelbunden fosfor. Kväveläckaget är dock begränsat från den typen av mark.