De miljögifter som hamnar i Mälaren deponeras i första hand där av de stora vattendragen som rinner ner i de västra delarna. Vissa ämnen sedimenterar sedan till botten medan andra flyter med vattnet österut mot Stockholm och Östersjön. Eftersom vattnet uppehåller sig olika länge i Mälarens olika bassänger varierar mängden kemikalier som hinner sedimentera mellan olika områden. I de västra delarna som Galten och Blacken rinner vattnet vidare efter några veckor medan Prästfjärden och Björkfjärden har en omsättningstid på 1,8 år. På så vis påverkar Mälarens geografi mängden föroreningar i sedimenten.

Partikulärt bundna miljögifter sedimenterar vanligen inom några kilometer från källan medan vattenlösta ämnen kan transporteras betydligt längre. När nedbrytande organismer konsumerat förorenade sediment hamnar miljögifterna i organismer och sprids uppåt i näringskedjan, från mikroorganismer till fisk och fågel och ibland även vidare till människor.

För att få en överblick över situationen i Mälaren och dess tillrinnande vattendrag har Mälarens vattenvårdsförbund tagit fram en miljögiftsrapport som sammanställer de mätningar som gjorts mellan 2006-2014.